RESCO
Při využití přístavu/tržnice/kostela z města se panáček nepřesouvá, "engaguje" (použije) se ve městě, tzn. zůstane ležet na něm.
Těžbou se meeple přesune na danou surovinu a zůstane tam ležet. Při ochraně vůči rebelii pak není ve městě, ale pokud se nepletu, pohybovat můžeš pouze nepoužitými jednotkami a to pomocí akce Pohyb. Samovolně se do města nepřesune. Pokud ale ve městě je a jiný hráč neovládá chrám, smí hráč postavit svého meepla ve městě (klasicky zaplacením za krizi) a pak pomocí něj využít chrám.

Sosám jen ze základních pravidel, hru jsem pěkně dlouho nehrál, tak kdyby někdo měl lepší info, nebudu se hádat :)

mesto
Snad jsem dobře pochopil tvojí otázku :)

Pokud máš v regionu všechny budovy a máš meepla na městě, tak spravuješ celý region včetně budov. Pokud tedy použiješ doprovodnou akci tržnice nebo přístavu, tak si jí označíš jedním zlaťákem a panák na městě je tak engaged - nemůže se množit, hýbat, ani dělat druhou akci přístav / tržiště.
Pokud nejdřív panáka z města použiješ na jinou akci (těžba), město opustíš a riskuješ, že ti město někdo zabere akcí migrace. Takovou pitomost by snad ale nikdo neudělal. :)
Co se týče rebelie a ležících rebelů. Opět panák ve městě funguje jako kněz a region je tedy vůči rebelii imunní. Samozřejmě se dá udělat to, že vlezeš někomu na hex a postavíš tam kostel (když tam nějaký už není). Se svým knězem se pak rozhodneš rebelujícího správce města nechat ležet a pokud nemá on prostředky ho postavit na nohy, tak pak použiješ migraci a naběhneš mu do města. Rebela vykopneš a ovládneš celý region.